A Polícia Militar de Santa Catarina (PMSC) é composta por seções administrativas e operacionais. A estrutura organizacional básica compõe-se por:
A) Comando-Geral da Polícia Militar, que inclui o Estado-Maior-Geral e Diretorias;
B) Órgãos de apoio, que inclui a Faculdade da Polícia Militar (Fapom) e;
C) Órgãos de execução.
A parte de execução, que contempla a principal missão de polícia ostensiva e de preservação da ordem pública, é organizada entre Comandos Regionais, Batalhões, Esquadrões, Companhias, Pelotões e Grupos de Polícia Militar. O município que não é sede de Batalhão, Companhia ou Pelotão contará com um Grupo PM, com efetivo variável de acordo com a missão. Atualmente, a PMSC conta com doze (12) Comando Regionais, que abrangem trinta e oito (38) Batalhões (BPM). As Companhias (Cia) estão subordinadas aos Batalhões, assim como os Pelotões estão para as Companhias, respectivamente.
Além do quadro de combatentes, a Polícia Militar conta com um quadro de oficiais capelães e da área da saúde (médicos e dentistas). Ainda, estão subordinados à PMSC os Colégios Policiais Militares, presentes em diversos municípios catarinenses. A PMSC também administra um hospital (HPM), a banda de música “Piano Catarinense” e o museu Lara Ribas, ambos sediados em Florianópolis.
Para melhor atender a população, a ampla missão constitucional da Polícia Militar é subdividida em ações especializadas. O Batalhão de Operações Policiais Especiais (Bope), o Batalhão de Polícia de Choque (BPChoque), Regimento de Polícia Militar Montada (Cavalaria), Batalhão de Aviação (BAPM), Companhia de Policiamento com Cães (Canil) estão subordinados ao Comando de Apoio Especializado, subordinado diretamente ao Subcomandante-Geral.
Por fim, para atender as rodovias catarinenses e o meio ambiente, a PMSC conta com a Polícia Militar Rodoviária e a Polícia Militar Ambiental, responsáveis respectivamente pela fiscalização e atendimento de ocorrências nas estradas estaduais, como também pela preservação da Ordem Pública Ambiental.